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Le Port de Saint John se divise en trois principaux secteurs : le port principal, la baie Courtenay et l'avant-port. Le port principal et la baie Courtenay sont ceux où se trouvent la plupart des installations portuaires, et sont influencés par les marées de la baie de Fundy et par les courants de la rivière Saint-Jean, qui coule du port principal et se jette dans la baie.
L'avant-port se trouve au sud de l'île Partridge et du chenal principal et comprend les approches du port et les aires d'ancrage. Une installation d'évacuation en mer pour TGTB (VLCC) à Canaport se situe également dans ce secteur.
Le port a deux marées hautes et deux marées basses par jour (semi-diurnes) et l'amplitude de la marée varie de 15 à 28 pieds selon le type de marée. La hauteur de la haute mer varie de 22 à 28 pieds et celle des basses eaux varie de 0 à 7 pieds au-dessus du zéro des cartes. En raison de ces marées semi-diurnes et de l'influence la rivière Saint-Jean, l'étale au port se produit environ à demi-marée et non à marée haute ou basse, comme c'est le cas dans d'autres ports.
Les navires entrent au port en empruntant le chenal principal, dragué à une profondeur de 30 pieds sous le zéro des cartes. Ils arrivent dans la baie Courtenay en passant par le chenal de cette baie, qui s'étend du nord vers l'est depuis son confluent au chenal principal. Le chenal est dragué à une profondeur de 18 pieds sous le zéro des cartes et donne accès aux terminaux pétroliers, aux installations de cale sèche et à celles du terminal à potasse dans la baie Courtenay.
Les profondeurs aux diverses installations varient en fonction des besoins de chaque terminal, soit de 30 à 42 pieds et les postes à quai sont dragués à chaque année.
Le trafic maritime transitant par la baie de Fundy et utilisant le Port de Saint John est surveillé par le Centre du trafic de la Garde côtière canadienne et le pilotage est obligatoire à Saint John. Le port est libre de glaces l'année durant. Les vents dominants sont du sud-ouest.
En général, ces marées n'influencent pas les opérations portuaires. Le capitaine de port surveille de près les mouvements des navires à chaque marée, et il établira au besoin, en consultation avec les pilotes du port, des priorités à ce chapitre afin d'assurer l'utilisation maximale de la marée et d'éviter les retards.
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